Para excluir o funcionário vai no menu Diversos > Utilitários > Exclusão de Colaborador
Na tela que se abre selecione a "Empresa", "Tipo do Colaborador" e o "Colaborador" e depois clique no botão chamado "Processar" e assim ele irá apagar o cadastro do funcionário em questão.
Se o mesmo já foi enviado ao esocial deverá gerar um layout S-3000 para a exclusão do mesmo no ambiente do governo.