Você deve excluir as informações que já foram enviadas referente a folha e SST depois excluir o cadastro dele no eSocial.
Passos:
1 - Reabrir todas as folhas desde a admissão do funcionário no eSocial, indo no menu eSocial > Eventos Periódicos > Reabertura.
2 - Após reabrir todas as folhas dentro do sistema indo no menu Cálculos > Definir Cálclulo e puxar cálculo por cálculo e alterar o campo chamado "Situação para I - Inicializado.
3 - Após reabrir as folhas no eSocial e no Sistema você agora deve excluir todas as folhas do funcionário desde a admissão até a atual, indo no menu Cálculo > Ficha Financeira > Cadastro
4 - Após excluir as folhas você agora vai enviar as exclusões das folhas para o eSocial indo no menu eSocial > Eventos Períodicos > Envio Declaração Mensal
5 - Se todos os leiautes retornou com sucesso, agora você prossegue com exclusão das informações de SST do funcionário caso você use o Sistema Senior de SST.
6 - Acesse o módulo Segurança e Medicina, clique em eSocial > Colaboradores > Exclusão de Leiautes SST, marca quais leiautes deseja excluir e depois clica em Processar.
7 - Após os leiautes de SST retornar com sucesso agora vamos prosseguir com a exclusão do cadastro do funcionário no eSocial.
8 - No módulo Administração de Pessoal e clique em eSocial > Colaboradores > Exclusão de Colaborador;
8.1 - Informe o código da Empresa, Tipo de Colaborador, o cadastro do Colaborador e clique em Carregar:
8.2 - Selecione o cadastro e clique em Processar:
8.3 - Acesse eSocial > Consulta Pendências e envie o leiaute S-3000 que foi gerado
9 - Após retorno com sucesso da exclusão do cadastro do funcionário no eSocial, vamos prosseguir agora com a alteração da categoria eSocial dele no sistema.
10 - Altere para a Categoria eSocial correta Acesse Colaboradores > Históricos > Categoria eSocial;
10.1 - Processe o leiaute S-2200 em eSocial > Colaboradores > Fechamento da Admissão;
10.2 - Acesse eSocial > Gerar Não Periódicos e processe o leiaute S-2200;
10.3 - Envie o leiaute S-2200 em eSocial > Consulta Pendências.
OBS: Após retornar com sucesso o leiaute S-2200 corrigido, agora você deve recalcular todas as folhas dele desde a admissão e enviar as informações para o eSocial.