Faça o seguinte procedimento:

1. Acesse eSocial / Utilitários / Ajustar Dependentes eSocial, informe os dados e os colaboradores que deram o erro de CPF de dependente e clique em carregar.

Depois de carregar ele vai mostrar os funcionários em questão marque todos eles e depois clique em Processar.

2. Acesse eSocial / Gerar Não Periódicos, informe os colaboradores e processa o S-2205 gerado;

3. Acesse eSocial / Consulta Pendências, processe o leiaute e aguarde retornar com sucesso;

4. Regere o S-1210 clicando no botão seleção e selecionando apenas os funcionários em questão e seguir conforme tela abaixo: