1.Para gerar a informação para atualizar o CPF e a matricula eSocial você deverá gerar conforme imagem abaixo sobrepondo apenas o cadastro do funcionário selecionado.

2. E para gerar o restante das informações sem sobrepor as informações já digitadas no passado poderá gerar normalmente como vocês vinham gerando marcando todas as opções menos o de sobreposição conforme imagem abaixo: